Van mei 1946 tot november 1948 werden de 28 voornaamste Japanse oorlogsleiders, met uitzondering van de keizer, berecht door het Tribunaal van Tokio, officieel het International Military Tribunal for the Far East geheten. Het ging hier om zogeheten A war criminals die werden aangeklaagd voor misdaden tegen de vrede. Daarnaast werden in de diverse geallieerde gebieden nog plaatselijke processen gevoerd tegen circa 4.000 Japanse oorlogsmisdadigers van de categorieën B en C: plegers van conventionele oorlogsmisdaden en misdaden tegen de menselijkheid.

Na de oorlog verbleven in Nederlands-Indië nog ongeveer 300.000 Japanners. In mei, juni en juli 1946 werd meer dan 90% van hen naar Japan afgevoerd. Circa 13.000 Japanners bleven nog achter voor het verrichten van koeliewerk ten behoeve van de Nederlands-Indische overheid; begin mei 1947 vertrokken de laatste Japanse koelies uit Indië. Een onbekend aantal Japanse deserteurs (hoogstens een paar duizend) bleef achter. Een klein deel van hen gaf uit ideologische overwegingen militaire steun aan de Indonesische onafhankelijkheidsstrijders. Ruim 3.000 Japanners bleven in Indië achter omdat zij ervan verdacht werden oorlogsmisdrijven te hebben gepleegd. Bijna de helft van deze groep werd in de eerste helft van 1947 samen met de Japanse koelies gerepatrieerd. Voorts werd een deel van de verdachten afgevoerd naar Singapore om daar berecht te worden.

Uiteindelijk zijn ruim 1.000 Japanners en 43 Koreaanse en Formosaanse kampbewaarders in Nederlands-Indië berecht. Al tijdens de oorlog was door de geallieerden begonnen met het verzamelen van bewijsmateriaal. In de laatste maanden van 1945 en de eerste helft van 1946 werden bovendien in en buiten Nederlands-Indië (o.a. aan boord van repatriëringsschepen) door verschillende opsporingsinstanties duizenden verklaringen afgenomen van slachtoffers en getuigen van Japanse oorlogsmisdrijven. Het vooronderzoek naar oorlogsmisdaden hoefde niet te voldoen aan de waarborgen die voor het normale strafrecht golden en voor de krijgsraden werden de bewijsregels aanzienlijk versoepeld.

Voor de berechting van de verdachten werden twaalf Temporaire Krijgsraden ingesteld. De Japanners die voor de krijgsraden moesten verschijnen, werden verdedigd door Japanstalige advocaten die, voor zover nodig, uit Japan werden overgebracht. Zij werden bijgestaan door Japanners die kennis hadden van de plaatselijk situatie en die het Nederlands, Engels, of Indonesisch beheersten. Communicatie bleef echter een probleem en vrijwel alle afgelegde verklaringen moesten dan ook door tolken worden vertaald. De advocaten hadden veel werk te verrichten, waarbij zij niet altijd de beschikking kregen over de faciliteiten die zij daarvoor noodzakelijk achtten. Het kwam voor dat gedetineerde verdachten door hun bewakers – veelal Nederlanders die zelf tijdens de oorlog in Japanse krijgsgevangenschap hadden verkeerd – slecht behandeld werden.

In augustus 1946 vond het eerste proces plaats voor de Temporaire Krijgsraad in Batavia. Het laatste vonnis werd in juni 1949 uitgesproken. De Temporaire Krijgsraden op Java en Sumatra richtten zich vooral op oorlogsmisdaden tegen de Europese bevolking op deze eilanden, de krijgsraden in Borneo en de Grote Oost – waar buiten de kampen nauwelijks Europeanen waren geweest – richtten zich voor het grootste deel op misdrijven tegen de Indonesische bevolking.

Van de ruim 1.000 berechte Japanners werden er 55 (ruim 5%) vrijgesproken en 983 veroordeeld. Bijna een kwart van de veroordeelden kreeg de doodstraf opgelegd. Het lijkt erop dat door de Temporaire Krijgsraden relatief hard werd geoordeeld. In Indië werden bijvoorbeeld 236 Japanners ter dood veroordeeld, terwijl in Nederland slechts 18 Duitsers de doodstraf kregen. Bovendien kregen 13 van deze Duitsers gratie, terwijl in Indië maar in tien gevallen van de doodstraf gratie is verleend.

De Indische Temporaire Krijgsraden kwamen bovendien naar verhouding tot minder vrijspraken dan andere geallieerde instanties die recht spraken over Japanse verdachten. De strengheid van de Indische krijgsraden heeft mogelijk geleid tot de zelfmoord van enkele Japanse verdachten. Bovendien deden ongeveer 20 gedetineerde Japanners een vluchtpoging: ongeveer de helft slaagde erin te ontsnappen, zes kwamen tijdens de poging om het leven.

Toen in de tweede helft van 1949 de onderhandelingen tussen Nederland en de Republiek Indonesië over de soevereiniteitsoverdracht begonnen, rees in ambtelijke kringen te Nederlands-Indië de vraag wat men aan moest met de honderden Japanse oorlogsmisdadigers die hun straf nog moesten uitzitten in de Tjipinang-gevangenis te Batavia. In verschillende gratieverzoeken van Japanse familieleden werd gevraagd of de veroordeelde Japanners niet naar Japan konden worden gerepatrieerd om daar hun straf te voltooien.

Een vertegenwoordiger van het Rode Kruis te Den Haag bood de hulp van zijn organisatie aan bij een transport van de veroordeelde Japanners vanuit Batavia naar Tokio. Dit aanbod werd aangenomen. Op 26 december 1949, daags voor de soevereiniteitsoverdracht, vertrok het schip 'Tjisedane' uit Batavia met 680 Japanse oorlogsmisdadigers aan boord. Het transport werd begeleid door het Rode Kruis.

Op 23 januari 1950 kwam het schip aan te Yokohama. De Japanners die door de Indische krijgsraden tot een gevangenisstraf waren veroordeeld, werden overgebracht naar de Sugamo-gevangenis in Tokio om daar hun straf verder uit te zitten. In de zomer van 1956 paroleerde Nederland de laatste in Indië veroordeelde Japanse oorlogsmisdadigers. In december 1958 werden tenslotte ook de voorwaarden die verbonden waren aan de vervroegde vrijlating opgeheven.